Заклятый враг Шкипера - дельфин-злодей Доктор Блоухол снова строит коварные планы по захвату мира. А потому команда боевых пингвинов-шпионов вновь отправляется на задание.
Успех операции будет зависеть от успешного использования и комбинирования способностей всех четырех бойцов - тактического гения Шкипера, конструкторского таланта Ковальски, боевых умений Рико и, наконец, изворотливости Рядового.
Кроме великолепной четверки в The Penguins of Madagascar: Dr. Blowhole Returns – Again! вы встретитесь и с другими знаковыми персонажами знаменитого мультсериала - лемурами Морисом и Мортом, выдрой Марлин и, конечно, неподражаемым и восхитительным Королем Джулианом.